본격적으로 홍진이 독립운동에 가담한 것은 3.1운동부터다. 당시 조선 곳곳에서는 임시정부 수립을 위한 ‘대한독립만세’ 외침의 물결이 번지고 있었다. 홍진은 이 물결에 적극 가담했고, 1914년 4월 2일 그의 주도로 13도 대표자 회의가 열리게 된다. 그는 각 대표자가 모인 자리에서 임시정부의 필요성을 발표했는데, 이 장소가 인천만국공원으로 지금의 자유공원이다.
같은 시기 중국 상하이에서도 대한민국 임시정부를 만들려는 움직임이 일었다. 소식을 들은 홍진은 중국으로 건너갔고, 그곳에서 임시의정원 의장과 정부 수반인 국무령을 맡아 민주공화정과 의회정치의 기틀을 다졌다. 광복 후에는 인천으로 돌아와 비상국민회의 의장으로서 통일정부 수립에 애썼으며, 만 70세로 가문의 선영이 있는 문학산 자락에 잠들었다.
묘비는 인천광역시 미추홀구 관교동에 있었으나 1984년 홍진의 묘소가 국립묘지로 이장됨에 따라 인천광역시립박물관으로 옮겨졌다. 민족을 위해 불꽃처럼 독립운동에 힘쓴 공훈을 기리어 정부에서는 1962년 건국훈장 독립장을 추서했다.